Le differenze di sicurezza tra Linux e Windows sono complesse; Youssef Bassil dell'Associazione libanese per le scienze computazionali ha trascorso nove pagine descrivendo in dettaglio le differenze nel suo articolo "Sistemi operativi Windows e Linux da una prospettiva di sicurezza" per il Journal of Global Research in Computer Science. (Collegamento in Risorse.) Le differenze di sicurezza tra i due sistemi operativi possono essere suddivise in concetti più semplici tenendo in considerazione gli elementi che non influenzano la maggior parte degli utenti occasionali di computer e Internet.
Modularità e privilegi utente
Windows non è modulare; potresti aver notato che quando una parte del tuo computer si guasta, l'intera cosa va giù come un castello di carte. Quando tutti i componenti di un sistema operativo si riuniscono, diventa più facile per il malware passare dal client di posta ai file di sistema. A differenza degli account Windows, gli account utente Linux in genere non hanno accesso root, necessario per apportare modifiche importanti al sistema. Se il malware entra nel sistema, non ha modo di diffondersi senza quell'accesso.
Funzioni automatizzate
La maggior parte degli utenti desidera solo che il proprio computer funzioni, senza dover dedicare troppo tempo alla configurazione dei file e alla risoluzione di problemi tecnici. Windows lo consente; automatizza il maggior numero di funzioni possibili per l'utente, il che offre al malware la possibilità di intrufolarsi. Chad Perrin di TechRepublic utilizza l'esempio di malware eseguibile camuffato da documento di Word. Quando l'utente apre questo file, invece di eseguire Word, Windows segue i segnali di esecuzione nel file. Un altro esempio che fornisce è di malware che viene eseguito quando un utente inserisce un supporto rimovibile; tale malware sfrutta la funzione di esecuzione automatica di Windows.
Open source e trasparenza
Linux è open-source, il che significa che chiunque può visualizzare e modificare il codice sorgente che esegue il sistema operativo; fa parte del motivo per cui ci sono così tante versioni differenti (chiamate distribuzioni) del sistema operativo Linux. Se una vulnerabilità è presente in un programma o una distribuzione, gli sviluppatori tendono a trovarla più velocemente e trovare soluzioni per chiudere quella vulnerabilità. Sebbene esistano programmi open source per Windows, il sistema operativo nel suo insieme è chiuso.
Sicurezza attraverso la varietà
Sebbene non sia esattamente una funzionalità di sicurezza, la varietà disponibile per gli utenti Linux sia nel sistema operativo che nelle applicazioni rende molto più difficile per il malware prendere di mira la maggioranza degli utenti. Gli utenti Windows costituiscono circa il 90% degli utenti di computer e variano solo di cinque versioni, con oltre il 47% degli utenti su Windows 7 nel gennaio 2014. Linux ha solo circa l'1.5% degli utenti Internet in totale e questi utenti variano tra diverse distribuzioni differenti . Sebbene Ubuntu sia di gran lunga la versione più popolare di Linux, versioni come Fedora e openSUSE utilizzano un diverso set di strumenti e applicazioni.